Pipeline for Rapid Identification, Single-cell Mapping & Analysis
“Resolve the unseen.” — Clarté non supervisée en cytométrie.
Détecter la MRD dans les leucémies aiguës myéloïdes est l'un des défis diagnostiques les plus complexes en hématologie. PRISMA rend cette analyse accessible, reproductible et cliniquement conforme.
Chaque LAM possède un immunophénotype associé à la leucémie (LAIP) unique. Un outil générique échoue systématiquement à s'adapter.
Les précurseurs sains en régénération (ex: hématogones, myéloblastes) présentent un profil phénotypique très proche des cellules pathologiques résiduelles.
Les effets 'batch' entre acquisitions dégradent la reproductibilité. Chaque centre hospitalier a ses propres configurations.
FlowSOM auto-organise les cellules en grilles SOM sans aucun pré-gating manuel. Chaque run est déterministe et reproductible.
Approche Different from Normal (DfN) combinée aux recommandations de l'ELN 2022. Méthode de référence clinique pour la MRD dans la LAM.
Le clinicien conserve le contrôle final. L'IA propose, le médecin valide. Supervision humaine à chaque étape critique.
Application de bureau PyQt5 avec un wizard 5 étapes. Aucune compétence en ligne de commande requise. Zéro configuration initiale.
Rapports PDF conformes pour dossiers patients, dot plots haute résolution, fichiers CSV/FCS annotés, rapports HTML interactifs.
Analyse multi-patients en file d'attente. Idéal pour les cohortes de recherche et les bilans de suivi thérapeutique.
PRISMA ne suppose aucun panel fixe. Il lit les colonnes de votre fichier .FCS et s'adapte automatiquement à n'importe quelle combinaison de fluorochromes — à titre d'exemple :
PRISMA est une application de bureau clé en main. Aucune installation Python, aucune ligne de commande, aucune dépendance à configurer. Téléchargez l'exécutable, lancez-le, et le wizard en 5 étapes prend en charge l'intégralité du pipeline.
Écran d'accueil PRISMA. Présentation du pipeline, indicateurs système (GPU/CPU, mémoire), et démarrage en un clic.
Glissez-déposez vos fichiers .FCS : échantillon patient, moelle normale de référence (NBM), et contrôle optionnel. Validation automatique du format.
Configuration du pipeline en 3 groupes : FlowSOM (grille SOM, métaclusters), Gating (GMM, KDE, seuils), et MRD (méthode ELN/JF/Flo, seuils cliniques).
Lancement du pipeline. Barre de progression en temps réel, console de logs détaillée, 7 phases de traitement. Durée typique : 30–90 secondes.
Jauges MRD visuelles (JF, Flo, ELN 2022), conclusion clinique colorée, tableau des nœuds SOM positifs, et export PDF/CSV en un clic.
Reproduction fidèle du wizard PRISMA — telle qu'elle apparaît sur votre bureau.
PRISMA reconnaît que chaque laboratoire d'hématologie travaille avec ses propres cytomètres, ses propres panels de marqueurs, et ses propres normes de référence de moelle normale (NBM).
Ce n'est pas complexe. Tous les hyperparamètres se règlent directement depuis l'interface graphique. Pas de fichiers de configuration à modifier, pas de code à toucher. Un panneau dédié vous guide paramètre par paramètre.
som_griddefault: 10×10Taille de la grille Self-Organizing Map. Une grille plus grande capture plus de sous-populations mais augmente le temps de calcul.
normal_marrow_multiplierdefault: 5.0Le 'bouclier topologique'. Un nœud SOM n'est classé MRD que si les cellules pathologiques y sont N fois plus représentées que la norme. Optimisable via Optuna.
mrd_methoddefault: allMéthode de scoring MRD. 'all' active les 3 méthodes simultanément pour une triangulation diagnostique. ELN 2022 est la référence clinique.
min_events_gatedefault: 50Porte clinique ELN — Hard Stop. Un nœud avec moins de 50 événements ne peut pas être classé MRD positif, quelle que soit la proportion de cellules pathologiques.
mrd_positivity_thresholddefault: 0.001Seuil de positivité clinique MRD. 0.1% selon ELN 2022. En dessous, le résultat est classé MRD négatif même si des cellules pathologiques sont détectées.
harmony_enableddefault: falseCorrection de batch Harmony. Désactivée par défaut car l'application sur tous les marqueurs fusionne les blastes tumoraux avec les cellules souches saines.
L'architecture de PRISMA est conçue pour être extensible. Il est possible de créer de nouvelles configurations spécifiques à d'autres pathologies hématologiques ou à d'autres types de panels cytométriques.
# Nouvelle pathologie — LAL-B
pathology: LAL-B
markers:
- CD19
- CD10
- CD34
- TdT
- CD22
som_grid: [12, 12]
mrd_threshold: 0.0001 # 0.01% (seuil LAL)
method: ELN
# Référence moelle normale
nbm_reference: ./nbm/lal_b_nbm.fcsExige une pureté locale forte dans chaque nœud SOM. Excellente spécificité. Idéale pour les MRD faibles.
Tolère les nœuds mixtes. Le normal_marrow_multiplier est un hyperparamètre optimisable par Optuna sur votre cohorte NBM.
Implémentation directe du standard EuroFlow/ELN 2022 Different from Normal. Méthode recommandée en usage clinique.